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分類介紹蛋白marker的原理及作用

蛋白質(zhì)marker指的是做western時,用來參照的標(biāo)準(zhǔn)蛋白,顯示蛋白大小,用以與自己蛋白進(jìn)行對比,估計蛋白大小。在免疫印跡(Western blot)試驗中,分子量Marker雖不起眼,但意義重大,是陽性對照,是大小的標(biāo)準(zhǔn),是必須的。

蛋白marker的分類:

一. 未染色(pre mixed)蛋白分子量標(biāo)準(zhǔn)

未染色的蛋白分子量標(biāo)準(zhǔn)是簡單,也是準(zhǔn)確的一種。由于沒有附帶染料分子或者是標(biāo)記分子,所示大小正好是蛋白原本的大小,是判斷蛋白大小必須的?,F(xiàn)在的marker多數(shù)都選用預(yù)混和的Marker,方便不同大小的蛋白比較。預(yù)混的Marker通常有幾條帶加倍濃度作為指示,因為混合的條帶越多,越不好記,誰知道哪條是那條!數(shù)到眼都花了。所以當(dāng)看到特別濃的那幾條標(biāo)志帶就記得是哪里了。不過要記得,小帶通常都不那么容易看清楚的。在選擇上來說,當(dāng)然是選擇其中少有一條條帶和自己的目的蛋白大小相近的好,越近越好。如果你的蛋白不幸在兩條跨度較大Marker條帶之間,選別的Marker吧。預(yù)混的Marker使用上不如預(yù)染Marker(pre-stained)好用,因為電泳過程中*看不到,要和目標(biāo)蛋白一起等到后染色才“開”,無法對實驗起預(yù)示參照作用。*屬于“后知后覺”型的,當(dāng)然還是比“不知不覺”不做對照的要好。

① 寬分子量蛋白標(biāo)準(zhǔn)

如果從實驗室總體考慮的,就選范圍盡量寬,條帶分布比較均勻的,這樣你的蛋白無論在哪個區(qū)間都容易判斷,避免正好落在一段空白區(qū)的危險。不過條帶越多,每次上樣量也就越費。拿到Marker后,如果買的是大包裝,就應(yīng)該考慮分裝。多次反復(fù)凍融對于蛋白的危險,不用多說吧。另外要記得,寬譜的Marker不一定每條都能看到的,特別是MiniCell。如果側(cè)重大蛋白,那小的可能就已經(jīng)跑掉了,不是質(zhì)量不好哦。

② 高分子量蛋白標(biāo)準(zhǔn)

通常在檢測大分子量蛋白經(jīng)常使用到高分子量蛋白標(biāo)準(zhǔn)。

③低分子量蛋白marker標(biāo)準(zhǔn)

在一般的蛋白電泳當(dāng)中,更常用的是低蛋白標(biāo)準(zhǔn)分子量,除了有指示蛋白大小的作用以外,有時還可以用作粗略的定量。實驗室用在一般蛋白電泳的低分子量蛋白標(biāo)準(zhǔn)中。

在低分子量蛋白標(biāo)準(zhǔn)這里還包括可特別小的蛋白標(biāo)準(zhǔn),比如30kD以下蛋白或者多肽的分離辨別。其中GE的從2kD到16kD之間有6條帶的蛋白標(biāo)準(zhǔn)挺不錯。

二.預(yù)染蛋白分子量標(biāo)準(zhǔn)

預(yù)染蛋白分子量是一些純化好的蛋白混合物,通過與染料共價耦聯(lián),在電泳過程中或者轉(zhuǎn)膜時可以直接觀察到。預(yù)染蛋白分子量的出現(xiàn)方便了我們的實驗,這種蛋白分子量標(biāo)準(zhǔn)可以幫助我們在電泳時、電泳后,以及轉(zhuǎn)膜后監(jiān)測電泳情況和估計遷移率——比如,已知垂直電泳佳分辨區(qū)域大約在膠的2/3處,如果使用預(yù)染Marker就可以預(yù)測目標(biāo)蛋白進(jìn)入佳分辨區(qū)時停止電泳以得到佳分辨效果;如果觀察到Marker電泳異常也可以及時終止電泳;另外在Western Blot轉(zhuǎn)膜以后可以直接觀察蛋白轉(zhuǎn)膜是否*,還可以在膜上標(biāo)記蛋白分子量,所以吸引了許多實驗室人員購買預(yù)染蛋白標(biāo)準(zhǔn)。值得注意的是預(yù)染蛋白Marker與染料共價耦聯(lián),所以在不同的緩沖條件下電泳時遷移特性可能會發(fā)生某些變化,可能導(dǎo)致一些偏差,所以不太適合定位蛋白——不過多數(shù)情況下Marker的條帶未必能和我們的目標(biāo)蛋白*一樣,我們得到的也不過是一種相對Marker指示的參考大小,后都需要Western來定性,所以如果不是要區(qū)分大小相近的條帶,預(yù)染Marker還是很好用的,而且也可以和未染色的蛋白標(biāo)準(zhǔn)一起使用。

預(yù)染蛋白標(biāo)準(zhǔn)可以分為兩種:單色預(yù)染和多色預(yù)染,其實區(qū)別就在于幫助在實驗過程中辨認(rèn)某個條帶的大小——Marker條帶越多參考價值越大,可就越難辨認(rèn)區(qū)分,如果用不同的顏色來區(qū)別就比較好辨認(rèn)啦。如果沉悶的電泳實驗中跑出五顏六色的彩虹Marker,此時心情想必會愉快一些!單色的Marker通常是利用其中某些條帶加倍濃度來提示其大小的。還有一點特別要注意,由于轉(zhuǎn)膜是一個將膠里的Marker濃縮在潔白的膜上,所以需要的上樣量相對少一些,如果想要在電泳過程中看到美麗的“彩虹”,或者單色的Marker往往需要比說明書里多加一些Marker的。

三、Western的蛋白分子量標(biāo)準(zhǔn)

①生物素標(biāo)記蛋白標(biāo)準(zhǔn)

未染色的Marker在做Western時,需要在印跡前先用麗春紅或者是SYPRO熒光蛋白染色液等不干擾Western Blot的染色方法顯色,在膠上做標(biāo)記后才能“拼”在后的結(jié)果中,如果是預(yù)染的Marker就要在轉(zhuǎn)膜后標(biāo)記膜,或者剪膜,后在“拼上”。要是想直接將Marker結(jié)果顯示在后結(jié)果上,不用手工作圖或者拼接,那就要Western的Marker了。比如生物素標(biāo)記的蛋白標(biāo)準(zhǔn)。這種方法主要是配合化學(xué)發(fā)光法:在蛋白分子量上標(biāo)記生物素,通過帶有抗生物素的抗體或者偶聯(lián)鏈親霉素的抗體,在化學(xué)發(fā)光檢測到目的蛋白帶時就可以同時看到相應(yīng)的分子量標(biāo)準(zhǔn)一起發(fā)光顯影了。不同于普通蛋白分子量標(biāo)準(zhǔn)的便宜、預(yù)染蛋白分子量的方便,這一方法的優(yōu)點是與Marker和目的蛋白對應(yīng)性好,同時在同張片上顯示,不用拼接,利于分析。缺點是如果樣品中帶有生物素背景,那個抗生物素抗體有可能影響結(jié)果,而且反應(yīng)體系太過復(fù)雜也會干擾實驗結(jié)果。

②特殊標(biāo)記蛋白標(biāo)準(zhǔn)

在經(jīng)過修飾的蛋白標(biāo)準(zhǔn)中,除了生物素標(biāo)記以外,近些年由于下游蛋白操作的豐富化與復(fù)雜化,也出現(xiàn)帶有“尾巴”的蛋白標(biāo)準(zhǔn)。比如His-Tag,如果每個Marker條帶都有His–tag,那二抗添加His-Taq抗體很容易將Marker條帶顯示在Western結(jié)果上。很方便,問題就是有可能有潛在的干擾,比如樣品中正好有類似Histag的結(jié)構(gòu)。不過這可以通過對照檢測的。

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